了解资质标准：首先，详细研究国家和地方关于水文设施乙级设计资质的最新规定和资质标准，明确申请单位需满足的条件，包括但不限于企业基本条件、技术力量、设备配置、质量管理体系、人员配备、项目业绩等。

准备申报材料：准备企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证等基础证件复印件。

收集企业主要技术人员的职称证书、毕业证书、注册执业资格证书、劳动合同、社保缴纳证明等个人资料。

整理已完成的水文设施设计项目资料，包括合同、设计文件、验收报告等业绩证明材料。

建立和完善质量管理体系文件，如有必要取得相关认证。

填写资质申请表格，并按要求整理成册。

提交申请：将整理好的申报材料递交给企业工商注册地所在的省级或市级水行政主管部门，或指定的资质申报平台进行在线提交。

缴纳相应的资质申请费用。

资质初审：相关部门收到申请后，对提交的材料进行初步审核，核实企业基本信息、人员配备、设备状况、质量管理等内容是否符合乙级资质标准。

现场考核：初审通过后，主管机关可能会组织专家进行现场考察，检查企业的实际运营情况、技术能力和服务水平。

公示与审批：经过审核和现场考核合格后，申请单位的相关信息将在官方网站或其他指定媒体上进行公示，接受社会监督。

公示期满无异议后，由水行政主管部门正式批准并颁发乙级水文设施设计资质证书。